開車經過歐洲鄉間，高速公路旁一望無際的農作物、美麗金黃的油菜花田，這是最能輔慰人心的大自然景色，一想到自家車子使用不傷環境的生質柴油，歐洲人踩油門踩得更放心了。不過歐盟最新發布的報告裡，除了續提溫室氣體排放減量 20%、盡量使用可再生能源的目標外，鼓勵生質能源取代傳統能源的做法，卻逐漸引發不同聲音，有些環保團體開始挑戰歐盟這項方針。
曾經參與生質燃油危害研究、英國綠色政黨的議員 Andrew Boswell博士接受德國《明鏡週刊》訪問時表示，生質燃油會對環境造成巨大衝擊，引發社會問題（例如熱帶國家把農地拿去種生質作物）。他認為這並不是一條可行的路。
一般對生質燃油的認知，是生質作物在成長過程中吸收大量溫室氣體，執行碳中和，植物成熟後又可提煉為能源，對釵h國家來說相當有利可圖。因此擁有廣大森林的國家例如阿根廷或印尼，將大量樹木砍倒焚燒，辟出可以種植大豆作物的農場。結果濫墾焚燒的過程裡，二氧化碳被排放到大氣中、能進行碳中和的雨林與泥塘和也付之一炬，為種植高經濟價值的生質作物，自然反而承受雙倍損害。據此， Boswell及其他環境學家提出的證據是滿嚇人的。
2006年10月公布的氣候變遷經濟影響評估（Stern Review on the Economics of Climate Change）中估計，砍伐森林以及各種土地使用變遷，引發全世界 18% 的溫室氣體排放，換句話說，生質燃油加速了整個過程。
綠色和平組織農業專家Alexander Hissting也反對使用生質燃油，他認為大力鼓吹採用"農作能源"將會引來意想不到的災禍─因為生產生質燃油成為畸形工業。他舉例，在印尼這種放棄種植糧食作物改種能源的舉動，就像在掏金致富。
不過，歐盟也注意到了這個現象。在歐盟最新的報告中，特別強調生質作物必須在環境保持一定水準的前提下生產，此外，歐盟也希望將來自保育區、雨林區、或伐林新辟農場的生質作物列為違禁，不得使用。
但有批評家對於此產地定義的問題抱持懷疑，他們認為此時談產地檢驗，缺乏完整的證明標準，而生質燃油供應鏈又出乎意料的複雜，歐盟這項出自善意的規定是否能夠照做，恐怕相當困難。
連歐盟的科學家也有疑慮：使用生質燃油的好是否比現實成本還重要。英國《金融時報》舉出最近 Joint Research Center未出版的研究指出，歐盟執行委員會的科學家表示，歐盟設定由生質能源取代 10%化石能源的目標，究竟能減少多少溫室氣體的排放量實在很難說。但為了推廣生質能源，2020年歐洲的納稅人必須掏出錢來負擔 330-650億歐元的補助金。
環境科學家表示，並不只有使用石油才會排放溫室氣體，事實上，北方國家耕種農作，例如美國種植的玉米或歐洲種植的油菜都對氣候有危害。玉米或油菜大量消耗氮元素，農夫得用大量氮氧化物的肥料，氮氧化物一旦被釋放到大氣中，產生的熱是二氧化碳的 300倍， 1995年諾貝爾化學獎得主 Paul J. Crutzen估計，油菜提煉的生物柴油可排放比石油多 70%的溫室氣體，美國常用的玉米煉製生質燃油，則排放比石油多 50%的溫室氣體。
另一個最近備受關注的話題，是當農地轉種能源作物後，糧食價格開始上漲。大豆和玉米糧價上漲令開發中國家受創很深，在墨西哥、摩洛哥、塞內加爾等地，糧價飆升接連引發了暴動。去年10月，聯合國特使報告"吃飯的權利"由特派員Jean Ziegler完成，Jean Ziegler呼籲，至少停用生質能源 5年以平抑糧價，他表示，拿可耕地來種能源作物，對飽受飢荒摧殘的人來說簡直是大災難。
逐漸有國家採納這類批判生質能源的意見，去年秋天，加拿大魁北克省宣布終止栽種生質作物來製造生質能源用乙醇，今年 1月21日英國下議院環境審查委員會也呼籲停止對生質能源的逐漸依賴。議長 Tim Yeo對路透社表示，現在多數的生質能源對環境仍有不利的影響。
不過顯然這個議題在歐洲內部仍充滿爭議，歐盟對英國下議院的舉動頗不以為然，歐盟執委會能源部長 Andris Piebalgs表示，歐盟執行委員會完全不同意英國下議院做出來的這項報告。但聽在環境科學家如 Boswell的耳裡非常受用， Boswell認為這個問題存在好幾年，現在應該要受到英國政府的重視。
