這個剛剛在約旦條件最惡劣的監獄度過6年的人就是扎卡維，他來到阿富汗，胸懷一個野心勃勃的計畫：把中東「真正的伊斯蘭信仰者」發動起來，對抗世俗政權。不過本．拉登對此計畫的可行性表示懷疑，雖然扎卡維主張開闢多條戰線，他卻只把注意力集中於美國和以色列。他同時懷疑這個態度粗暴的、充滿野心的青年能否做好一個可靠的中尉。
然而，根據前基地組織高層阿戴爾的描述，扎卡維沒有被勸服，「他從不在任何事上退讓和妥協。」
從一個暴徒到伊拉克「聖戰」的領導者－－扎卡維的歷程就從這裡開始。美國為報復9．11對基地組織進行了摧毀性的打擊，使本．拉登四處躲藏，但伊拉克的扎卡維在很大程度上重建了這一組織。隨著扎卡維地位的上升，他和拉登的關係也變得微妙，就像一個超越了師傅的學徒。而據那些正在搜捕他們的人說，他們之間的權力爭鬥正改變著全球伊斯蘭恐怖主義運動的前景。
美國的情報機構對於扎卡維、本．拉登及其副手扎瓦赫裡都所知甚少，但據他們透露，他們相信扎卡維已經將其勢力範圍擴大到伊拉克邊界外很遠的地方。他已經與歐洲、非洲和亞洲超過30個國家的二十多個恐怖組織有了接觸，以尋求資金支持和方便國際行動。美國的反恐官員則擔心他會與隱藏在美國的極端分子相呼應。一位研究扎卡維的情報分析人員稱：「他顯然在努力奪取本．拉登的衣缽，有可能本．拉登和扎瓦赫裡的時代已經過去了。」
儘管上週半島電臺播出了據稱是扎卡維今年9月發表的聲明，稱本．拉登仍然是「聖戰」的領導者，但令情報官員驚奇的是，拉登本人已有一年多時間未發表錄音聲明瞭。情報人員推斷，雖然拉登可能還活著，但他恐怕已經徹底轉入地下，以免被發現。
那麼，本．拉登真的還控制著局面嗎？記者從多種方式瞭解他與扎卡維的關係，包括審訊記錄、被破譯的「聖戰」網站上的密碼、伊拉克私下傳播的信息以及各國專家的分析，發現在塔利班政權倒臺以後，拉登事實上已經主要依靠扎卡維來復興基地組織。扎卡維的襲擊計畫經常沒有得到拉登的首肯，這解釋了他的行動為何更加難以預測。
也許前述的拉登與扎卡維會面已經注定了後來的一切，一位曾為基地高層提供意見的巴基斯坦軍方官員稱，拉登通常不可能接見這樣不被信任的人。他還透露，塔利班領導人奧瑪爾曾被幕僚警告，讓他不要聽信扎卡維的全球戰爭式騸動。他們認為，塔利班不應該捲入其他人的戰爭中，尤其是在中東地區，那裡有塔利班的許多富有的支持者。但根據扎卡維傳記作者阿戴爾(現據信被關押在伊朗)的描述，本．拉登本人認為不應該錯失這個鼓動扎卡維的機會，他認為扎卡維在約旦的地下力量可以幫助對付以色列。因此，拉登當時讓扎卡維在阿富汗的西部山區建立自己的營地和訓練軍隊。
當美國於2001年 10月進攻塔利班時，扎卡維一度與其他基地成員活動在坎大哈，但由於實力上與美軍相差懸殊，他很快轉移到了伊朗，隨後來到伊拉克北部，他與那裡的極端組織 「安薩爾」有著密切接觸。情報人員相信，就在2003年美國入侵伊拉克前幾個月，拉登曾派出其親信伊拉奇前往視察情況。然而，據稱扎卡維對拉登派人來指手劃腳非常憤怒，並明顯地拒絕與伊拉奇合作。據美國情報官員證實，伊拉奇隨後返回了阿富汗，後來成為那裡最重要也最危險的指揮官。
9．11之後，基地組織的指揮系統進行了變革，從通過內部網路進行的日常命令發布變成了由一個五人的「管理委員會」控制。從此，除非是襲擊美國本土的計畫，其他事項不必再經過拉登和扎瓦赫裡。這一變動大大增加了扎卡維的實權。2004年，美國攔截了一封據信是扎卡維寫給扎瓦赫裡的信件，信中稱扎卡維計畫挑起伊拉克什葉派穆斯林與遜尼派的內戰。據阿拉伯的情況人員透露，這一計畫很可能得到了拉登的同意。在2004年1月從巴基斯坦基地高官古爾住所發現的一封信中，拉登催促扎卡維「打什葉派這張牌」，向伊拉克的什葉派發起攻勢，從而向伊朗施壓，促其釋放多名基地高層領導人，包括拉登之子薩阿德。
2004年 10月，扎卡維在與伊拉奇的另一次會面後，正式加入了基地組織，並自封為美索不達米亞的「王子」。隨著伊拉克亂局的加劇，扎卡維對拉登的公開態度不再那麼小心翼翼。他對美軍的大膽襲擊鼓動了幾百名「聖戰者」離開阿富汗前往伊拉克。各種跡象顯示，扎卡維在逐漸脫離控制，雖然他暫時仍然需要拉登的聲望。在美軍去年10月發現的一封信中，扎瓦赫裡敦促扎卡維停止攻擊伊拉克什葉派，因為這激起了全世界溫和派穆斯林的憤怒。中情局和五角大樓都確認了這封信的真實性，認為它不僅反映了基地組織高層的戰略和意識形態分歧，而且顯示，扎瓦赫裡的態度不像是上級對下級發出指令，而更多使用了外交式的奉承和引誘。
美國情報官員普遍相信，扎卡維已經超越了本．拉登。扎卡維接下去的兩大考驗，一是繼續保持伊拉克的分裂狀態，二是不被美國抓住。據報導他已經勾畫了今後10年的藍圖，即推翻溫和的阿拉伯政府，建立純粹的伊斯蘭政權。而其最終奮鬥目標則是發起針對所有不信仰安拉者的戰爭。
