中時晚報報導，6月8日晚7點左右，臺灣約有8艘漁船，一度前後包夾日本水產廳艦艇，漁船還聯合用擴音器大喊「抗議侵佔我國傳統漁場，日本船艦滾回去」口號，雙方僵持近1個多鐘頭，海巡署艦艇擔心衝突一觸即發，在一旁戒護進行現場調停，雙方船艦才退回自己的海域。
衝突現場大約在三貂角東方43海浬處，由於該處海域為臺灣傳統漁場，漁民認為日方船艦「得寸進尺」，已經公然踏進別人家廚房，附近漁船透過無線電得知漁友有難，紛紛放棄作業往該地集結，準備與日方船艦拚命。
海巡署接獲蘇澳區漁業電臺報告後，發現事態嚴重，立即大規模派遣謀星艦、基隆艦、巡護六號、臺中艦大型艦艇以及編號5025、10025巡邏艇火速前往現場護漁。
60餘艘臺灣漁船6月9日早晨集結在臺灣與日本海域交界處，抗議日本水產廳艦艇，經臺灣海巡署派出大批船艦調停戒護，釀成最嚴重的臺日海上衝突事件。（路透社
大約凌晨5點左右，海面上瀰漫著一股緊張的氣氛，臺灣40餘艘漁船已經集結在臺日兩方水域交界線，有的拉起布條，有的用擴音器喊口號，海巡署6艘艦艇則在漁船周邊戒護，當時在現場觀察的1艘日艦，見我方官民2方出動大陣仗船隊，在勢單力薄下只好悻悻然離去。
根據上午海巡署船艦回報，清晨日方派出1架螺旋槳定翼機在現場上空盤旋10餘分鐘，觀察臺灣船艦的動態，漁民決定抗爭到底，因此漁船還是不斷的增加當中，最後達到近100艘，目前也沒有離去的打算，為了避免衝突擴大，海巡署上午再增派和星艦及6001號警艇前往增援。
引爆這次海上衝突的導火線在於8日上午，5艘南方澳籍漁船在東北角外海被5艘日本巡邏艇驅逐，導致長達數公里的延繩釣漁具和漁獲無法收回，損失嚴重，日艦甚至強行攔截，強制塞給船主「不准進入日本海域」的宣導單。
日艦「鴨霸」的舉動引發臺灣漁民極度不滿，包括在東北角附近作業漁船及停泊在港內的漁船，在得知日方不合理的行動時，紛紛放棄漁撈作業，幾乎同仇敵愾「沖」往現場。
漁民表示，根據日本劃定的經濟海域界線，臺灣漁船作業範圍現在幾乎只限於東部沿岸，「根本已經將臺灣納為日本領土」，如果這次政府不能好好解決漁業爭議，將會在回航後，號召漁民前往海巡署及相關部會進行大規模抗議行動。
東森新聞說，臺灣漁民在東北角海域捕魚時，經常遭到日本驅逐、查扣，8日又有漁船在與那國島海域附近作業，遭日本巡邏艇驅逐，漁民群情激憤，連夜動員上百艘漁船前往抗議，但是沒有見到日本巡邏艦的蹤影，於是漁民將矛頭指向海巡署，大罵海巡署通風報信，是日本走狗。
漁民們之所以會這麼生氣，導火線是8日上午7時，一艘蘇澳籍的魚津128號漁船在臺灣的經濟海域捕魚，竟遭到日本巡防艇驅趕。2小時後，金滿祥6號、聖宏勝、新復興266號，以及金勝財66號4艘漁船，同樣在臺灣經濟海域捕魚，日本巡邏艇又來加以警告。
漁民忍無可忍，近百艘由蘇澳前往日本主張排他性經濟海域抗議的漁船，9日上午沒有遇上日本巡邏艦，漁船掛上國旗、抗議白布條宣示主權後返航；但抗議漁民對海巡蘇澳隊5025巡邏艇，故意放走被稍早在海域作業漁船包圍的日本巡邏艦，十分憤怒，不能諒解。
主發36號船長李源昌等人指出，昨天傍晚6點30點分左右，約有10多艘漁船，先趕到北緯25度、東經122度56分的糾紛海域，發現日本巡邏艇白嶺丸號，越過中心線驅趕我落單漁船，立即左右包抄，正準備與日本巡邏艇拚命，海巡蘇澳隊PP5025艇適時出現，讓日本艦離去，阻止漁船攻擊。
憤怒的漁民氣得用三字經大罵，不恥海巡署平時懼怕日本，不敢護漁，漁民受不了起來反抗，卻又去幫助日本人，政府無能有如清朝「軍閥」，海巡官兵簡直是日本「走狗」；艇上官兵被罵，心有不甘，警告漁民，進港後將予以法辦。
這話更激起漁民不滿，集結的漁船決定全部返航，相約10日上午一起將船開進海巡蘇澳隊部，抗議政府無力護漁，又阻止漁民自力救濟的作法。海巡蘇澳隊表示，為避免兩國發生不必要爭端，抗議目的已經達到，才阻止漁民過激行為。
日本片面劃設排他性經濟海域，2年來強行扣押7艘南方澳漁船，警告百餘艘漁船，被驅離漁船更難以計算，南方澳漁民忍無可忍，昨日集結南方澳、淡水、新港、高雄等漁船近百艘，相約今天到爭議海域找日本巡邏艦算帳。
蘇澳區漁會理事長陳建忠表示，這是一次漁民對日本的宣戰行動，如果日本繼續蠻橫驅趕我漁船，將有上千艘漁船前來拚命。漁民對謀星艦等巡邏艦，敢出面與日本對抗，讓日本人聞風閃避，十分稱讚。
