紐約通勤客活動NYPIRG於2003年10月至2004年1月，對22條地鐵線的2,200個地鐵車廂進行了調查。結果顯示66%的車廂評價是「乾淨」 ，2002-2003年這一比例是59%。地鐵車箱變得越來越清潔已成一種趨勢，1999-2000年調查結果顯示乾淨車廂的比例是32%，2000- 2001年是47%，2002-2003年是59%，直到目前的66%。與1999-2000年相比，乾淨車廂的比例已增加了一倍。
十條地鐵線上的地鐵車廂自去年以來進步顯著(3,4,5,6,B,C,D,J/Z,Q 和R)， 而有三條線路的車廂衛生情況變得更糟(7, G, 和W)。九條線路上的車廂沒有大的變化(1/9, 2, A, E, F, L, M, N and V)。表現最差的是C線，擁有乾淨車廂的數量最少，乾淨車廂的比例只有48%。C線去年表現也最差，儘管與去年相比有所進步，乾淨車廂的比例從去年的 31%增長至今年的48%。表現最佳的是3線和5線，乾淨車廂的比例達89%。調查還顯示：進步最顯著的是R線，乾淨車廂從2002年-2003 年的37%，上升至目前的69%；退步最嚴重的是7線，乾淨車廂的比例從去年的78%下降至今年的54%。全系統車廂總評價：22%「極乾淨」，43% 「乾淨」，15%「髒」，20%「極髒」。
車廂的清潔程度根據地板和座位的衛生狀況，按照紐約市交通局官方衛生評估標準做出評定。車廂如果基本沒灰或浮灰可評為乾淨。調查範圍不包括垃圾。自1997年，該評選活動已進行了五次，每次調查的時間和範圍都大致相同。
活動將1999-2000, 2000-2001和2002-2003三個年度的衛生狀況好轉歸結為紐約市交通部門對於清潔人員的重新配置。紐約通勤客活動協調人布蘭哲Neysa Pranger說：「交通局的官員們值得表揚，他們在人力、財力減少的情況下把車廂打掃得更加整潔。」
紐約通勤客活動還對交通局官員提出建議，希望對清潔的標準訂得再高一些。紐約市交通局目前的目標是80%的地鐵車廂至少達到「基本乾淨」。交通局官員茹西安諾夫 Russianoff說：「這一標準太低，『基本乾淨』的車廂是暗黑的地板上可以有一至兩個粘污點。」呼籲官員將目標訂在95% 或更高。紐約市交通管理局(MTA)不對外公布衛生調查結果，只將它作為內部信息。茹西安諾夫Russianoff建議提供及時信息，更有效地在第一時間監控情況。此次調查由Alfred P. Sloan基金會資助，該基金會支持對公共服務行業的評估工作。
