這是一個關於真實世界和虛擬世界，肉體和精神，人類與機器的未來故事。
Matrix是什麼？Matrix就是一個由機器統治者控制下的虛擬世界，裡面沒有人類的肉體，只有精神（我猜測與神經元、神經刺激和腦電波有關）。這個一個完全虛擬的世界，裡面的構成是人類的精神和機器編製的程序。
這個真實世界的統治者是01城的機器統治者，就是Neo最後向他祈求和平的那個事物。他控制著真實世界和虛擬世界。他作為機器的代表統治著機器與人類。
Zion是什麼? Zion是一個人類反叛者建立的城堡。他們不甘於受到機器統治者的統治而自立門戶，與機器城分庭抗禮。作為異端，它必將受到來自機器統治者的猛烈攻擊。
在整個故事當中，Oracle（先知）和Architect（那個論述滔滔的老頭）都是Matrix中的程序，Architect甚至本身就是Matrix的設計和建造者。火車人（Trainman）和Sara的父母則是連接真實世界和虛擬世界的控製程序，他們存在於二者的中間地帶。
人類反叛者不斷的想要壯大自己的力量以與機器城相抗衡，他們發現了Matrix中具有潛在超能力的救世主（The one）Neo，於是Morpheus和Trinity將他從Matrix中解放出來，給予他肉體，讓他進入了真實世界。
人類反叛者一直想搞清楚Zion的由來和Matrix的真相，於是他們中的優秀者如Morpheus就會一遍遍的進入Matrix求助於Oracle，想要揭開Zion和Matrix之謎。但是以Morpheus的能力還不足以達到這個目的，因為他們無法衝破Matrix中特工們的重重封鎖和追殺。於是他們從Matrix中找到並解放了救世主Neo來幫助他們完成這一任務。
Neo在Morpheus和Trinity的幫助下終於找到了Matrix的Architect，向他詢問。Architect告訴他他只不過是第七任救世主而已（到這兒我已經慢慢明白了），並告訴他兩條路，要麼去尋找Source（源頭，其實就是機器統治者），但會失去Trinity;要麼為了愛情，放棄去找Source，留在Zion。當時Neo選擇了愛情，回到了Zion。但後來大家可以知道，在成為救世主的那一刻起，Neo已經沒有選擇，他所做的一切就都已經是注定的了。
在當Zion城即將被攻破的時候，Neo明白了自己別無選擇，只有帶著Trinity踏上前往機器城之路。在看到機器城冷酷宏大的景象後，Neo體會到了人類力量的渺小，他只能請求清除Matrix中實力蔓延越來越廣的Smith，來作為保留Zion城的條件。機器統治者答應了他。在與Smith殊死的搏鬥中，Neo明白自己無法戰勝Smith。為了保存Zion，他只能選擇與Smith同歸於盡。
其實，這個故事的一切都在01城的機器統治者控制之下，他主導了一切，從Matrix誕生的那一刻起。
作為一個虛擬世界，Matrix是由難以計數的細小因素構成的一個複雜系統。隨著時間的推移，裡面就醞釀著不穩定或不良因素的累積，一旦沒有宣泄口，這種累積很容易在未來的某一天造成整個系統的分崩離析（就像人類的癌症）。
而系統本身是很難做到大的自我調整的。於是機器統治者建立了一個第三方－－Zion，放入了自以為是機器世界反叛者的一些人類。這些人類為了瞭解真相會不斷的進入Matrix探尋，然後遭到Matrix中的異端殲滅者－－特工的追殺。在追殺的過程中，不良程序被不斷的刪除（殲滅），Matrix則不斷的得到改善。
Matrix中特工的首領Smith同樣想從進入Matrix的異端那裡得到Matrix的真相，並想把自己解放出來。他的能力和勢力越來越大。考慮到系統的平衡性，這麼強大的一股力量存在於Matrix中，就必然存在與其相對抗的力量。這股力量就是Neo，也就是說，Smith的強大注定了Neo的誕生。即使不是Neo，也會是另一個救世主。
機器統治者通過設置出Matrix中的不同程序、特工，Zion，救世主來維持整個Matrix，即整個虛擬世界的平衡。
所以，Neo所為之奮鬥的事業，追求的愛情，從一開始就注定了是一場令人哀傷的悲劇。他用他無比強大的超能力所完成的一切，只不過是機器統治者為Matrix設置的優化過程。機器統治者利用不斷攻擊Zion，Zion尋求救世主，以及救世主與Matrix中過度發展的特工程序的毀滅來達到保全和發展Matrix的目的。
從Neo的個人角度來看，他是另一個形式的俄狄浦斯（連最後雙眼瞎了都一模一樣），具有超強的能力卻無法贏得與命運的抗爭，他的美好愛情最後也只能成為多舛命運的犧牲品。
整部影片充滿了西方悲觀的未來世界觀和科技觀，昏暗的場景，死氣沉沉可怖的機器城，破爛的Zion城，悶黑的溶洞，以及Zion保衛戰中人類拚死作戰而又無能為力的場景（我現在還忘不了一個老艦長在機器人火炮上與電子烏賊（Sentinal）浴血奮戰到死的場景）。
不知道是不是西方的哲學在對最新科技的指導方面已經走到了盡頭，感覺西方的科幻電影幾乎所有的未來世界都是黑暗的、骯髒的、冷酷的，沒有人類的溫情和明亮，他們似乎已經迷失在瘋狂追求先進科技的泥沼中，再也找不到未來人類和科技發展的交會點了。這是不是也預示著東方文明重新崛起的一個機會呢？
