「21世紀經濟報導」指出，中央部門預算管理中存在4大問題：
其一，中央部門本級預算管理不規範。僅以審計署2002年中央部門預算執行審計結果為例，在被審計的60個中央部門中，就有23個部門未按規定細化預算或預算編製不完整；6個部門沒有按規定及時足額批復預算；12個部門擅自調整預算專案及其金額。
點評：假如上訴各部門不交叉，則有近七成的中央部門涉及預算違規。
其二，中央部門對其所屬的二、三級單位疏於管理和監督。審計署去年對中央部門所屬的200多個二三級單位延伸審計的結果顯示，隱瞞收入、私設賬外賬等問題金額就高達37億元。其中僅從中國氣象局及其直屬18個二級單位中就查處違規違紀金額2.29億元。一些單位甚至為謀取小團體利益，編造虛假專案，騙取財政資金。其中典型的例子是：水利部原資訊研究所以建設「東小樓改造附屬工程」為名，編造虛假專案預算，並與某工程處簽訂虛假施工合同，將135萬元預算資金撥付該工程處，然後分批收回，用於發放職工補貼。
點評：審計出天文數字的違紀金額，是否有人因此而負上行政或刑事責任？
其三，執行「收支兩條線」規定不嚴也是其中的問題。審計署去年對中央部門的審計發現，有14個部門自立專案或超範圍收費5.22億元，15個部門應繳未繳中央預算收入3.31億元，29個部門未按規定上繳財政專戶資金18.53億元，26個部門隱瞞、截留或坐支預算外資金2.68億元，有的甚至設立賬外賬。
點評：中央部門各自為政的情況可見一斑。
其四，中央部門決算編報不實。根據審計署對國務院25個部門2002年度決算(草案)的審計情況看，部門決算編報不實的問題仍然存在，涉及少報收支和結余、少計資產、少匯所屬單位決算報表的金額共達41億元。事實上問題並不止此，審計發現，各部委結存資金「富可敵國」，有的部委可能達幾十億甚至上百億元。按照規定，這些結存資金的使用和管理必須納入部門預算並上報財政部，根據財政部批復的部門預算對其進行使用和管理，但一些部門違背規定，未將結存資金納入部門預算，私自將其變成了部門的小金庫，或者私自對外投資，或者變相為職工發福利。
點評：人們常說，中共已爛到根了，此審計數字足以證之不虛。上樑不正下樑歪，主管機構尚如此，所管轄的偌大中國，無不有樣學樣，最後腐敗遍及中國的每個角落。
眾所周知，中國的審計報告又臭又長，是給坐在辦公室裡靠讀報打發時間領巨額工資的中國官僚看的，我們不必引用太多那些的天文數據。事實上，就是沒有對中央部門的審計報告，該些部門都與所謂「清廉」挂不上鉤，彼此的差異不過是腐敗的程度或有不同罷了。
透過現象看本質，這實是胡溫體制向舊勢力的又一次進攻。
一朝天子一朝臣，除舊迎新，都是官場的金科玉律。但舊勢力不會輕易放下手中的權柄，新勢力如何才能屈人之兵？審計便是極為有利的武器。中央部門存在的經濟問題並非一朝一夕事，但選在十六大三中全會前進行審計，時機的考量最重要！看來十六大三中全會已成為中共高層權爭的重要戰場，人事上的地震隨時將會爆發。
