聯合早報周銳鵬報導，北京一直給予熱情接待的新黨立委如馮滬祥等人全都落選，新黨幾乎全軍覆沒，更是令國台辦官員感到尷尬。
清華大學國際問題研究所所長閻學通教授說，民進黨立委席次增加顯示，即使在經濟不景氣的情況下，台獨勢力也沒有受到壓制，反而在增長。
閻學通說：「由於台獨勢力的增長，陳水扁繼續堅持他的台獨政策，他對競選連任的信心也在增加。」
他說，這次選顯示，在兩岸關係上，臺灣方面受經濟因素左右是有限的。兩岸經貿關係發展並不意味著兩岸政治關係也同步發展。
「要遏制台獨勢力發展，不能僅靠經貿密切往來。如何才是有效遏制台獨勢力發展的方法，將是大陸需要研究的問題了。」
中國國際問題研究所研究員郭震遠憂心的說：「民進黨成第一大黨後，在兩岸關係的問題上將更加膽大妄為。」
除了斷定兩岸關係將更惡化，郭震遠也認為，這場立委選的結果將加劇臺灣的亂局。
清華大學公共管理學教授楚樹龍指出，臺灣這次立委選的結果對民進黨有利，可能使陳水扁更加堅持他目前不承認「一個中國」和「九二共識」的兩岸政策，甚至進一步鼓動陳水扁向獨立方向邁進。
不過，楚樹龍認為，大陸不因為臺灣這次選而改變對陳水扁「聽其言、觀其行」的政策。
中國社科學臺灣研究所副所長余克禮說，儘管民進黨成為第一大黨，但相信它在兩岸關係上還「不敢鋌而走險」。
他也認為，席次過半的泛藍軍將對陳水扁和民進黨的施政起到有力的制衡作用，因此，民進黨也不能「為所欲為」。
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